Un jour sur votre chemin vers l'école vous obtenez une mystérieuse application sur votre smartphone, celle-ci permet de se rendre dans un autre monde qui prend la forme du coeur des personnes( par exemple pour un professeur corrompu il prend la forme d'un château du roi), ce monde est appelé le Metaverse et vous rentrerez dans le Palace de la personne au coeur corrompu. Votre but serra d'entrer dans ces palaces et voler le trésor qui s'y trouve au plus profond.

Des êtres appelés Shadows crée à partir de l'esprit des Hommes habitent le Metaverse, pour vous aider à les vaincre vous aurez besoin de vos personas, des êtres créés à partir de votre esprit de combattant que vous pourrez invoquer lors de votre séjour dans le Metaverse et qui possèdent des pouvoirs spéciaux.

Le style de combat est un tout par tour. Vous pouvez attaquer de 3 façons différentes: Avec votre arme au corps à corps, avec votre arme à distance ou avec votre Persona. Vos controlerez une équipe de max 4 personnages. Chaque personnage possède des capacités uniques à lui-même, à vous de choisir la composition que vous préférez.